允英醫(yī)療與上海中山醫(yī)院合作，招募了107名經(jīng)組織病理檢查明確為類上皮細胞、多核巨細胞和淋巴細胞組成的肉芽腫病例，采用基于NGS（next generational sequencing）技術方案的允英宏基因組英微探?產(chǎn)品，對手術或活檢獲取的組織樣本進行測序，并與傳統(tǒng)經(jīng)典臨床診斷流程如涂片抗酸染色、BACTEC MGIT 960快速培養(yǎng)等方法進行了全面對比（圖1）。
不考慮測序數(shù)據(jù)對MTB參考基因組（H37Rv）映射覆蓋度的情況下，英微探?共在51名患者中檢測到MTB基因組，其中僅38人為結核病；而在未檢測到MTB基因組的40名患者中，6名被臨床診斷為結核病（圖2A），檢測特異性、敏感性和一致性分別為86.4%、72.3%和79.1%（kappa=0.58，95% CI 0.42–0.75，P<0.001)。進一步，基于一系列優(yōu)化算法，研究發(fā)現(xiàn)以覆蓋度15%為閾值進行測序數(shù)據(jù)過濾，能夠獲得最優(yōu)的診斷準確性（圖2B），其對結核病與結節(jié)病患者鑒別診斷的特異性、敏感性和一致性分別達到84.6%、90.0%和87.9%（kappa=0.75，95% CI 0.51 –0.98，P<0.001)。
兩個典型的病例證實了這一診斷策略的應用潛力。病例1在NGS測序數(shù)據(jù)按覆蓋度>15%過濾后為結核病陽性：該病例經(jīng)組織病理診斷（圖3A）懷疑結核傾向，并由涂片抗酸染色陽性證實為結核?。▓D3B），經(jīng)抗癆治療后順利痊愈；病例2在NGS測序數(shù)據(jù)按覆蓋度>15%過濾后為結核病陰性：該病例經(jīng)胸部CT掃描顯示雙側肺葉散在粟粒狀結節(jié)，組織病理結果提示肉芽腫病變（圖3C），痰涂片與培養(yǎng)結果陰性，但經(jīng)皮膚活檢發(fā)現(xiàn)結核桿菌?；颊咦罱K考慮為結節(jié)病傾向并接受了激素治療，一年后癥狀顯著改善（圖3D）。
