允英醫(yī)療與瑞金醫(yī)院胸外科合作，納入55名胸腺上皮瘤患者，采用允英醫(yī)療AllNGS? panel 315產(chǎn)品，完成了對胸腺上皮瘤相關(guān)位點基于Illumina測序平臺的NGS（next generational sequencing）測序。依據(jù)臨床病理診斷結(jié)果將患者分為胸腺瘤與胸腺癌兩組，根據(jù)測序數(shù)據(jù)對鑒定胸腺上皮瘤的分子特征和分子診斷標志物進行篩選。
研究發(fā)現(xiàn)，胸腺腫瘤患者的基因突變主要集中于SNV（single nucleotide variants）和Indel形式，不同亞型的胸腺上皮瘤患者中有多個基因在不同的熱點位點表現(xiàn)出不同頻率的變異。胸腺瘤患者中，APC信號通路中出現(xiàn)SNV頻率最高的基因為EP300（48％）、APC（46％）和CTNNB1（42％）；然而在胸腺癌患者中，這一通路發(fā)生SNV頻率最高的基因則是APC（60%）、AXIN1（60%）以及EP300（60%）（圖1）。
此外，在腫瘤基因組插入及缺失突變方面，檢測到一系列高頻突變基因，其中在胸腺瘤中共有4個基因的突變頻率高于90%（ARID1A、KMT2C、TGFBR2和MAP3K1）；而它們在胸腺癌中則表現(xiàn)出100%的突變頻率（圖2）。
同時，本研究首次報道，胸腺上皮瘤不同亞型患者之間的腫瘤突變負荷（tumor mutation burden，TMB）存在巨大差異：A型TMB最高而AB型TMB最低；其余B1、B2、B3型以及胸腺癌C型幾種亞型的TMB值接近。微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）的結(jié)果則與TMB相反：A型高MSI比例最低；B3、B1和AB型高MSI比例最高。值得注意的是，TMB高的患者中有23.6%同樣存在MSH6基因的SNV突變，而在TMB低的患者中則有高達67.3%未檢測到MSH6基因的SNV突變。這不僅是胸腺瘤與胸腺癌分型的分子特征標志，也為臨床靶向用藥選擇提供了全新思路（圖3）。
圖3 胸腺上皮瘤TMB及MSI分析
綜上，本研究首次揭示了在胸腺上皮瘤中DNA錯配修復(fù)基因MSH6的SNV與患者TMB之間具有很強的相關(guān)性，為治療藥物的研發(fā)提供了潛在作用靶點和新的研發(fā)思路；并提出了胸腺上皮瘤患者中胸腺瘤與胸腺癌亞型的快速NGS分子診斷方案：依據(jù)測序結(jié)果中一系列基因突變特征等分子標志物，可開展患者分層管理，定制個體化的精準醫(yī)療方案，顯著提升患者腫瘤治愈的機會。
